Основні функції Управління:

1) забезпечення формування державної політики у сфері захисту державного кордону та охорони суверенних прав України в її виключній (морській) економічній зоні;

2) участь за дорученням Міністра внутрішніх справ України (далі – Міністр) у спрямуванні та координації діяльності Адміністрації Держприкордонслужби;

3) забезпечення нормативно-правового регулювання у сфері захисту державного кордону та охорони суверенних прав України в її виключній (морській) економічній зоні;

4) здійснення координації, організаційного та методичного забезпечення взаємодії структурних підрозділів апарату МВС з Адміністрацією Держприкордонслужби в процесі їх участі у формуванні державної політики у сферах, визначених Законом України «Про Державну прикордонну службу України».