Основні функції Департаменту:

1) визначення пріоритетних напрямків розвитку і вдосконалення охорони здоров’я осіб, які відповідно до законодавства України мають право на медичне обслуговування в закладах охорони здоров’я МВС, розроблення і реалізація цільових програм у сфері охорони здоров’я;

2) здійснення організаційного і методичного керівництва роботою закладів охорони здоров’я МВС за встановленими Міністерством охорони здоров’я України стандартами, контроль та аналіз діяльності, розроблення заходів щодо вдосконалення їх роботи;

3) організація медичного забезпечення поліцейських та військовослужбовців, які постраждали під час виконання службових обов’язків. Контроль за направленням, за потреби, цих осіб до державних і комунальних закладів охорони здоров’я для надання їм консультативної та стаціонарної (спеціалізованої) медичної допомоги;

4) контроль, моніторинг та узагальнення інформації щодо організації роботи мультидисциплінарних команд та організації реабілітаційного лікування, у тому числі медичної (медико-психологічної) реабілітації поранених відповідно до законодавства України, та впровадження в діяльність закладів охорони здоров’я МВС міжнародних стандартів реабілітації та Міжнародної класифікації функціонування, обмежень життєдіяльності та здоров’я;

5) організація заходів, пов’язаних із направленням поранених осіб, які відповідно до законодавства України мають право на медичне обслуговування в закладах охорони здоров’я МВС, на лікування за кордон відповідно до законодавства України;

6) здійснення контролю за отриманням закладами охорони здоров’я МВС дозволів (ліцензії) на право здійснення окремих видів діяльності, проходження ними державної акредитації та отримання акредитаційного сертифіката відповідності встановленим критеріям;

7) здійснення контролю за організацією проведення лікарської, військоволікарської та лікарсько-льотної експертиз медичними (військово-лікарськими) комісіями закладів охорони здоров’я МВС;

8) здійснення контролю за організацією системи охорони психічного здоров’я, проведення психопрофілактики, медичного психофізіологічного професійного відбору, медико-психологічної реабілітації закладами охорони здоров’я МВС;

9) здійснення контролю за усуненням причин і умов виникнення та поширення спалахів інфекційних хвороб, професійних захворювань, епідемій, отруєнь осіб, які відповідно до законодавства України мають право на медичне обслуговування в закладах охорони здоров’я МВС;

10) здійснення контролю за забезпеченням функціонування закладів охорони здоров’я МВС у зимовий період та впровадженням запобіжних заходів, спрямованих на дотримання протипожежної безпеки;

11) здійснення контролю за впровадженням модулів медичної інформаційної системи в роботу закладів охорони здоров’я МВС та її взаємодія з іншими інформаційно-комунікаційними системами, засобами центральної підсистеми єдиної інформаційної системи МВС, зокрема з електронною системою охорони здоров’я eHealth, відповідно до законодавства України; 

12) здійснення контролю за впровадженням у діяльність закладів охорони здоров’я МВС умов для безбар’єрного доступу осіб з обмеженими можливостями відповідно до Національної стратегії із створення безбар’єрного простору в Україні на період до 2030 року; 

13) організація впровадження в практику закладів охорони здоров’я МВС новітніх технологій, досягнень науки, техніки і передового досвіду та контроль за їх упровадженням; 

14) за дорученням керівництва МВС співпраця з міжнародними організаціями, клініками та іншими організаціями з питань, віднесених до компетенції Департаменту.