Основні функції Департаменту:

1) визначення тенденцій, пріоритетних напрямків та принципів розвитку і вдосконалення відомчої системи охорони здоров’я, їх прогнозування, розроблення і реалізація цільових та перспективних програм, покладених на МВС, у частині реалізації державної політики у сфері охорони здоров’я МВС;

2) здійснення організаційного і методичного керівництва роботою закладів охорони здоров’я МВС;

3) контроль за отриманням закладами охорони здоров’я МВС дозволів (ліцензії) на право здійснення окремих видів діяльності, проходження ними державної акредитації;

4) організація медичного забезпечення осіб, які відповідно до законодавства мають право на медичне обслуговування в закладах охорони здоров’я МВС;

5) контроль відбору осіб, які мають право на пільгове реабілітаційне, санаторно-курортне лікування та оздоровлення у медичних реабілітаційних центрах МВС;

6) ведення реєстру працівників, пенсіонерів із числа осіб рядового і начальницького складу органів внутрішніх справ та військовослужбовців внутрішніх військ МВС, які брали участь у ліквідації наслідків аварії на Чорнобильській АЕС, та членів їхніх сімей, як складової Державного реєстру України осіб, які постраждали внаслідок Чорнобильської катастрофи;

7) організація контролю за усуненням причин і умов виникнення та поширення спалахів інфекційних хвороб, професійних захворювань, епідемій, отруєнь осіб, які відповідно до  законодавства мають право на медичне обслуговування в закладах охорони здоров’я МВС;

8) організація впровадження в практику закладів охорони здоров’я МВС новітніх технологій, досягнень науки, техніки і передового досвіду та контроль за їх упровадженням;

9) забезпечення координації взаємодії між структурними підрозділами апарату МВС, Національної гвардії України, центральних органів виконавчої влади, діяльність яких спрямовується та координується Кабінетом Міністрів України через Міністра внутрішніх справ України, юридичними і фізичними особами з питань охорони здоров’я;

10) контроль за організацією підвищення кваліфікації лікарів закладів охорони здоров’я МВС.