Основні функції Департаменту:

1) участь у здійсненні заходів із стратегічного прогнозування у сфері державної авіації, розробленні стратегій та проєктів розвитку суб’єктів авіаційної діяльності МВС, авіаційних підрозділів, підрозділів РЕР та РЕБ НГУ та ЦОВВ, узагальнення практики застосування законодавства та розроблення пропозицій щодо його вдосконалення, розроблення нормативно-правових та організаційно-розпорядчих актів МВС з питань державної авіації, унесення змін до них, здійснення перегляду на відповідність їх законодавству України;

2) планування, організація та забезпечення виконання заходів з функціонування та розвитку єдиної системи авіаційної безпеки та цивільного захисту в частині, що належить до компетенції МВС, НГУ, та за дорученням Міністра внутрішніх справ України – у частині, що належить до компетенції авіаційних підрозділів ЦОВВ як складових сектору безпеки і оборони;

3) розроблення організаційних заходів з біосферного моніторингу в ході формування безпекового середовища України, аналіз, узагальнення відомостей, отриманих шляхом проведення біосферного моніторингу, у частині вчинення кримінальних правопорушень проти довкілля та інформування про це відповідних органів.