Основні функції Департаменту:

надання керівникові державного органу, його територіального органу та бюджетної установи об’єктивних і незалежних висновків та рекомендацій щодо:

1) функціонування системи внутрішнього контролю та її удосконалення;

2) удосконалення системи управління;

3) запобігання фактам незаконного, неефективного та нерезультативного використання бюджетних коштів та інших активів;

4) запобігання виникненню помилок чи інших недоліків у діяльності державного органу, його територіальних органів, підприємств, установ та організацій, що належать до сфери його управління.