В  рамках роботи Комісії з питань координації євроатлантичної інтеграції України,представники Міністерства внутрішніх справ України беруть участь у наступних міжвідомчих робочих групах:

• Міжвідомча робоча група з розроблення річних національних програм під егідою комісії Україна — НАТО;
• Міжвідомча робоча група з впровадження державної політики забезпечення гендерної рівності у секторі безпеки та оборони України;
• Міжвідомча робоча група з питань протидії гібридним загрозам;
• Міжвідомча робоча група з питань соціальної адаптації військовослужбовців;
• Міжвідомча робоча група з координації заходів у рамках меню партнерства;
• Міжвідомча робоча група з професійного розвитку державних службовців;
• Міжвідомча робоча групи з питань впровадження національної системи стійкості.